1941-1950
       
1941
(01/03) Oito anos depois de chegar a Mirassol, a E.F. Araraquara prolonga o tronco até a estação de Bálsamo. E em 01/07 até a estação de Engenheiro Balduíno
(15/11) A Paulista entrega o tronco oeste, fusão dos ramais de Jaú, de Agudos e de Bauru, agora em bitola larga (1,60 m); nesse ano, ele chega até Tupã. Na verdade, esse é o início do processo; nesse ano, a bitola larga foi inaugurada entre Itirapina, no tronco da Paulista, e Pederneiras. Na linha nova, até Jaú, foi feita a eletrificação. Com toda a mudança de linha desaparece o antigo ramal de Jaú; o ramal de Campos Sales, da Paulista, é criado a partir do ramal de Agudos, entre as estações de Dois Córregos e de Iguatemi. A linha antiga é suprimida entre esta estação e a de Ayrosa Galvão, esta substituída agora por uma estação mais nova e em local novo. Entre Pederneiras e Piratininga, e daí para a frente, a antiga linha métrica e o nome do ramal de Agudos são mantidos, por ora
(15/11) O trecho do ramal de Anápolis (Paulista) entre Anápolis (Analândia) e a estação de Visconde do Rio Claro é desativado. Este pequeno trecho, que passava pela estação de Oliveiras, era remanescente da antiga Companhia Rio-Clarense, construído em 1884 e considerado o mais problemático de toda a sua antiga ferrovia, com curvas demais e em declive muito pronunciado na serra de Corumbataí. Foi por causa desse trecho que a Paulista foi forçada a alterar o caminho entre Rio Claro e Itirapina, em 1916. A Paulista passou a transportar os passageiros e cargas de São Carlos a Annapolis (Analândia) através de baldeação na estação de Rio Claro, sem aumento dos preços (mas sim, claro, do tempo de percurso), até a desativação do ramal, em 1966  
A E.F. Cantareira é incorporada pelo Governo Estadual à Sorocabana  
       
1943
(15/06) O tronco da a E.F. Araraquara chega à estação de Cosmorama  
   
   
       
1944
(08/12) A eletrificação do tronco da E. F. Sorocabana é entregue com festas no trecho entre São Paulo e Santo Antonio (Iperó); o trecho já funcionava comercialmente desde o dia 28 de novembro  
(10/12) O tronco da E.F. Araraquara alcança Votuporanga  
A São Paulo-Minas reativa o tráfego no ramal de Ribeirão Preto, desativado desde 1929  
   
       
1946
(09/11) O Governo Federal assume a SPR, ao final da concessão de 90 anos, e muda o seu nome para E.F. Santos-Jundiaí. A Cia. Paulista tenta por todos os meios a compra da empresa da União, mas não consegue  
   
   
       
1947
A eletrificação do tronco oeste da Paulista chega a Pederneiras  
   
   
       
1948
A eletrificação e a bitola larga no tronco oeste da Paulista chegam a Bauru  
   
   
       
1949
(01/04) O tronco oeste da Paulista é prolongado, de Tupã até a estação de Osvaldo Cruz, ainda em bitola métrica
(17/12) O tronco da E.F. Araraquara alcança Fernandópolis  
A Paulista compra a E.F. Dourado, que se torna cinco de seus ramais; a linha-tronco torna-se um prolongamento do ramal de Ribeirão Bonito  
       
1950
(20/04) O tronco oeste da Paulista chega até Adamantina, ainda em bitola métrica  
A Paulista compra a linha da C.E.F. São Paulo-Goiaz e a transforma no ramal de Nova Granada. Este ramal, bem como a antiga linha entre Ribeirão Bonito e Novo Horizonte da E. F. Dourado, comprada um ano antes, vão, durante a década de 50 do século XX, receber trilhos, dormentes e empedramento novos, pois a Paulista as considerava linhas estratégicas. Com a estatização da CP, em 1961, foram abandonadas e desativadas oito anos mais tarde